在建设工程施工合同中，发承包双方一般都要约定保修责任以及保修金的比例、保修金的返还方式。但在实践中，经常会发生发承包双方因为保修金的返还问题而产生纠纷：
案例一 某公路工程施工企业在缺陷责任期满向建设单位申请退还质保金时，建设单位以在保修期间曾自行针对合同路段进行过维修为由，扣除了40%的质保金，仅将剩余部分的保修金退还。 
　　案例二 某建筑施工企业与建设单位在某项建筑工程竣工结算后达成协议，承包单位放弃部分结算款项，由建设单位一次性将工程尾款支付给承包单位，承包单位在依约向建设单位索要工程尾款时，建设单位提出应扣除10%的款项作为质保金，一年后再退还。
　　笔者认为，保修责任与保修金的退还属于两个法律关系。依据财政部、建设部《建设工程价款结算暂行办法》(财建〔2004〕369号)第十四条“发包人收到承包人递交的竣工结算报告及完整的结算资料后，应按本办法规定的期限(合同约定有期限的，从其约定)进行核实，给予确认或者提出修改意见。发包人根据确认的竣工结算报告向承包人支付工程竣工结算价款，保留5%左右的质量保证(保修)金，待工程交付使用一年质保期到期后清算(合同另有约定的，从其约定)，质保期内如有返修，发生费用应在质量保证(保修)金内扣除。”之规定，在双方没有合同另行约定的情况下，建设单位理应在工程交付使用一年后清算。但是此举并不解除承包单位的质量保修责任。
　　保修金的退还应当按照发承包双方约定或者《建设工程价款结算暂行办法》处理，而承包单位的质量保修责任的依据则是《建筑法》、《条例》、《办法》等以及双方合同约定。两者的法律基础不同，因此在处理保修责任与保修金的退还纠纷时，应当结合具体情况进行处理。
　　针对案例一，笔者认为，在没有证据证明建设单位通知承包单位履行缺陷责任期内的保修责任，并且造成工程出现质量问题的原因系“由于承包人所用的材料、设备或者操作工艺不符合合同要求，或者承包人的疏忽或未遵守合同中对承包人规定的义务而造成的”的情况下，建设单位不能直接扣减承包单位的保修金。
　　针对案例二，笔者认为，建设单位理应依约全额支付工程尾款，其提出的扣减10%的保修金在一年后退还，违背了双方补充合同的本意。因为如果建筑工程在保修期内出现质量问题，承包单位理应自费承担保修责任，如果承包单位在建设单位通知后拒不履行保修责任，建设单位可以在自行修复后要求承包单位承担保修费用或者通过诉讼或者仲裁要求承包单位履行保修责任，如果由于质量缺陷或者保修不及时给建设单位或者工程使用人造成损害，建设单位还有权要求承担质量赔偿责任。