在房地产企业破产案件的实务操作中，管理人对以房抵债协议债权的审查与认定，是一项极为复杂且需要高度专业判断的工作。其最终目标是穿透表面形式，揭示经济实质，准确核定债权金额，并确保其在破产程序中的公平清偿。

一、债权审查的基本原则与流程。

1.实质重于形式原则：管理人不能仅凭协议名称和表面文字认定债权，必须深入审查基础法律关系的真实性、合法性和有效性。这包括核查原借款合同、转账凭证、本息计算方式（是否涉及高利贷）、以及债务履行的整个过程。

2.类型化区分原则：首先判断协议属于代物清偿、债务更新还是新债清偿。不同类型的协议，决定了下一步的审查重点。

3.公平清偿原则：所有审查与认定的最终目的，是为了在全体债权人之间进行公平的财产分配，防止个别债权人通过以物抵债协议获得不当清偿利益。

二、不同类型下债权的认定与清偿路径

1.代物清偿已履行完毕。认定：若房屋已实际交付并过户，或满足合法占有且非因债权人原因未过户的条件，则代物清偿成立，原债消灭。清偿路径：债权人无需申报债权。但管理人需警惕，若该行为发生在破产受理前六个月内，且债务人当时已具备破产原因，则可能构成可撤销的个别清偿，管理人应依法请求法院予以撤销，并将原债权恢复确认。

2.债务更新（债之更改）。认定：双方明确约定以新债务（买卖关系）完全取代并消灭旧债务（借贷关系）。清偿路径：债权人以买受人身份申报债权。管理人审查其在“新房”关系下的履行情况：若购房款（即原债本息）已付清：债权人可主张债务人（出卖人）无法交房的违约责任，其债权额为已付的全部“购房款”及损害赔偿（最终仍以原债未清偿本息为核）。若购房款未付清：管理人有权解除商品房买卖合同。合同解除后，债权人因合同解除所产生的损害赔偿请求权（即其实际损失）作为破产债权，该损失金额即为原债务中未获清偿的本息余额。

3. 新债清偿（间接给付）。认定：协议未明确约定旧债消灭，应推定为新债清偿。新旧债务并存。清偿路径：在新债务（交付房屋）因破产而履行不能时，旧债务自动“复活”。债权人应当基于原借贷关系申报债权，其债权额即为经管理人依法核定的、未偿还的借款本金及合法利息。

三、结论与展望

综上所述，在破产程序中，以房抵债协议的华丽外衣终将被剥去，一切债权的认定最终都将回归其资金借贷的本来面目。无论法律关系的演变如何曲折，债权人最终得以参与分配的，依然是其最初出借的、未被偿还的金钱本金及合法孳息。对于管理人而言，秉持公平公正之心，娴熟运用法律技术，穿透复杂交易安排看清本质，是妥善处理此类问题、顺利推进破产程序的关键所在。